Az akkor már 34 éves hajó a korabeli beszámolók szerint éppen tüzérségi párbajt vívott egy francia hadihajóval, amikor megdőlt, és rövid idő alatt eltűnt a vízfelszín alatt, több mint ötszáz matrózt, tisztet, katonát, hajósinast és egy kutyát magával rántva a hullámsírba. A partra 35 túlélő tudott kivergődni.

A katasztrófa okairól máig folyik a tudományos vita. A legelterjedtebb nézetek szerint vagy egy nagyon szerencsésen - angol szempontból szerencsétlenül - célzott francia ágyúgolyó üthetett végzetes léket a vízvonal alatt, vagy a hadianyaggal és más felszereléssel túlterhelt Mary Rose-t éppen a legrosszabb pillanatban, éles forduló közben érhette egy erős széllökés oldalról, felborítva a hajót.

A roncsot 1836-ban már felfedezték, ám az akkori technika a kiemelést még nem tette lehetővé.

Az igazi kutatómunka több mint száz évvel később, 1965-ben kezdődött, de a feltárás és a kiemelés tényleges előkészületeihez csak 1979-ben fogtak hozzá a szakértők. A következő három évben 19 ezer tárgyat hoztak a felszínre a búvárok, majd 1982-ben a hajó viszonylagos épségben maradt baloldalát is sikerült egyben kiemelni. A kiemelést annak idején becslések szerint 60 millióan nézték élőben világszerte.

A Mary Rose már nem sokkal később megtekinthető volt egy ideiglenes múzeumban, az 500 éves hajó végső otthona azonban most készült el, 35 millió fontos (12 milliárd forintos) beruházással Portsmouth kikötőnegyedében, néhány méterre attól a helytől, ahol a Mary Rose-t építették.

A látogatók igazi "időgépbe" kerülnek, amikor betérnek a múzeumba. A roncs köré tematikus rendszerezéssel felépített kiállítási komplexum emeletenként követi az egyes fedélzeteket, és mindegyik emeleten az adott fedélzet funkcióinak megfelelő, a Mary Rose-ról felhozott tárgyak tömege tekinthető meg.

Ezek között az ágyútól a konyhai eszközökön és a hajóács felszerelésein át a legénység személyes tárgyaiig minden megtalálható, ami a Tudor-korszak angol haditengerészetére jellemző volt.

A megtalált emberi maradványok és a modern számítógépes technika segítségével a kutatók az egykori személyzet néhány tagjának hasonmását is elkészítették és kiállították.

David Starkey történész, a Tudor-éra világszerte elismert kutatója egyenesen "angol Pompejinek" nevezi a Mary Rose maradványait, utalva a Vezúv kitörése által az I. században eltemetett és a vulkáni hamu által konzervált itáliai városra, amelynek feltárása addig példátlan részletekkel gazdagította a Római Birodalom mindennapi életéről alkotott tudományos képet.