Emilia Isabelle Euphemia Rose Clarke Londonban született 1987. október 23-án és vidéken, Berkshire-ben nevelkedett.  Édesapja színházi ember és foglalkozásának köszönhetően Emilia már kiskorában megismerkedett a színház világával, ami hamar fel is keltette az érdeklődését. A színjátszás mellett más területek is vonzották, saját bevallása szerint építész, énekesnő vagy grafikus lenne, ha nem maradt volna meg a színészetnél. A 2000-es évek elején Emiliát felvették a St. Edward’s School-ba, ahol öt évig tanult és 2005-ben végzett. Tanulmányait a híres Drama Centre London-ban folytatta, ami Nagy-Britannia egyik legnevesebb színművészeti iskolája. A képzés során rengeteg iskolai darabban szerepelt, mint például a Hamlet, The Changeling, A Flea in Her Ear, Awake, The Government Inspector és a Pygmalion. 2009-ben diplomázott.

Karrierjében egyértelműen a 2011-es Trónok harca jelentette az áttörést, amelyben Daenerys Targaryen karakterét alakítja. A sorozat az HBO egyik legnézettebbje, aminek következtében egyre többen figyeltek fel Emilia tehetségére.