Még a második világháborút követően, és az 50-es években is éltek itt érintettek. A lepra egyébként csak nyílt sebről nyílt sebre terjedhet át, tehát nem minden esetben lehet elkapni, és ha még is, akkor is van, akinek a szervezete leküzdi a betegséget. A 20. század elején azonban ezt még nem így gondolták, így rengeteg embert küldtek száműzetésbe. Akár 5-6 évig is eltelhet, amíg elhatalmasodik az emberen a betegség.

Bár korábban éltek itt egészséges emberek is, főként velenceiek, görögök és törökök, miután betelepítették a leprásokat, elköltöztek a szigetről. Ezt követően az üres házakba beköltöztek a betegek. Nem sokkal később annyi leprást telepítettek ide, hogy még új blokkházakat is építettek. A sziget olyan kicsi, hogy mindössze félóra alatt bejárható.

A velenceiek korábban hatalmas várakat építettek a szigetre, ennek az erődítménynek a falai mögött éltek a szigeten. Mivel ivóvíz nincs Spinalongán, óriási ciszternákat építettek, hogy telente abba gyűjtsék össze a vizet. Nyaranta pedig egy közeli krétai szigetről szállították Spinalongára az élelmiszert és a vizet.

Miután csak leprás betegek maradtak a szigeten, megpróbáltak közösségi életet élni. Templomokat építettek és iskolákat. Nem hagyhatták el a szigetet, és az elhunytakat is itt temették el. A törvények között tiltva volt, hogy a leprások egymással házasodjanak, de ez sokan megszegték, sőt, gyerekeik is születtek. Azonban az újszülötteket lelencházba adták.

Egy időben orvos se nagyon látogatta a helyet, de miután egy doktor segíteni akart a lakosokon, odaköltözött. Később őt választották meg Spinalonga kormányzójává.

Miután megszűnt a kényszer kitelepítés, mert csökkent a leprások száma vagy elhunytak, hamar turistalátványosság vált a helyből. Persze az ideutazók nem kaphatják el a betegséget, még is van, aki a mai napig fél, hogy leprásként tér majd haza.